Prihlásené obce hodnotia členovia Národnej hodnotiacej komisie (ďalej len „komisia“), zloženej zo zástupcov vyhlasovateľov a partnerov súťaže. Hodnotenie prebieha na dvoch úrovniach – návštevou prihlásených obcí a záverečným rokovaním komisie.
Každá obec má tri hodiny, počas ktorých musí čo najlepšie zvládnuť svoju prezentáciu. Záleží na jej invencii, akú formu zvolí a čo všetko komisii ukáže, či zaangažuje miestne spolky, poslancov, či podnikateľov.
Pri hodnotení sa sledujú kritéria udržateľnosti, koncepčnosti, schopnosti prezentovať sa, ojedinelosti a originality prístupov, myslenia obyvateľov, riadenia samosprávy, ale aj súladu s aktuálnym mottom súťaže o Európsku cenu obnovy dediny.
Po návšteve všetkých obcí a spracovaní hodnotiacich formulárov sa zvoláva záverečné rokovanie komisie, na ktorom sa na základe údajov z prihlášok, výjazdov v obciach, prezentácií a spoločných návrhov členov komisie, udelia ocenenia a je určený víťaz. Komisia môže navrhnúť a udeliť aj ďalšie ocenenia podľa aktuálnej situácie, príp. niektoré ocenenie neudeliť.